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2017年2月11日土曜日

輝点の検出を楽に行う

FindMaximaを使う

[Process -> FindMaxima]を使うと、画面上の輝点などを一瞬で検出してくれるため、輝点追跡をする際の初期パラメータを与えるためなどに重宝する。Pluginから当然利用することが可能。

MaximumFinderクラス

FindMaximaを使うには、MaximumFinderクラスを利用する。
import ij.plugin.filter.MaximumFinder;
import java.awt.Polygon;

...

ImageProcessor ip = imp.getProcessor();
double tol = 10;

MaximumFinder mf = new MaximumFinder();
Polygon mp = mf.getMaxima(ip, tol, true);

...
  1. まず、MaximumFidnerオブジェクトを作成する。
  2. 輝点の検出には、MaximumFinderのメソッドgetMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, boolean excludeOnEdges)を使う。ipで現在開いている画像のImageProcessorを渡す。toleranceは輝点を検出する際の閾値を決める。excludeOnEdgesは、画面のエッジ上の輝点を検出するかどうか決める。
  3. 検出された輝点の位置情報を、java.awt.Polygon型として返す。
    • 格納される順番は、輝度値が高い順番となる
  4. 輝点の座標情報には以下のようにアクセスすればよい
int ind = 0;
double x = mp.xpoints[ind];
doulbe y = mp.ypoints[ind];
Polgonのメンバ変数であるxpoints, ypointsを使えば、座標データに直接アクセスすることが可能である。これを利用すれば、輝点の自動検出や輝点のトラッキングなどに応用することが可能となる。
以上

2017年2月6日月曜日

ToDo List

ToDo List

ブログで書く予定の内容。随時更新。

Basic

  • [ ] ImagePlusとImageProcessor
  • [ ] ImageStack
  • [ ] Java
  • [ ] ImageStatistics

Listener系

  • [x] MouseListener
  • [x] ImageListener

ImageProcessor系

  • [x] Threshold
  • [x] MaximumFinder

ImageCanvas系

  • [ ] Overlay

ImagePlus系

  • [ ] Calibration

GUI系

  • [ ] Table
  • [ ] GenericDialog

外部ライブラリ

  • [ ] JFreeChart
  • [ ] JNI
  • ApacheCommonsMath
    • [ ] Curve Fitting
    • [ ] Matrix

Call from Macro

Environment

  • IDE
    • [ ] Eclipse
    • [ ] IntelliJ IDEA
  • [ ] Git
  • [ ] Maven
  • Mindmap
    • [ ] Xmind
    • [ ] mindmup
  • TextEditor
    • [ ] Vim
    • [ ] SublimeText3

2017年2月4日土曜日

画像に閾値が設定されているかどうか知る

Thresholdについて

ThresholdはImageProcessorのメソッドを使う。よく使うのは以下の二つ。
public void setThreshold(double minThreshold,
                         double maxThreshold,
                         int lutUpdate)

public double getMinThreshold()
lutUpdateにはRED_LUTやBLACK_AND_WHITE_LUT, OVER_UNDER_LUT, NO_LUT_UPDATEがあり、ImageProcessorの静的なメンバとして値が設定されている。なので、
ImageProcessor ip = imp.getProcessor();
ip.setThreshold(min, max, ImageProcessor.RED_LUT);
などのように使う。ここで、minの値を-808080.0DにセットするとThresholdを解除することができる。あるいは、ip.resetThreshold()というメソッドも使える。
また、getMinThoreshold()で返ってきた値が-808080.0Dあるいは、ImageProcessor.NO_THRESHOLDと同値であれば、その画像にはThresholdがかかっていないことを知ることができる。
これらメソッドは、例えばオブジェクトの自動検出のために閾値を利用する場合、閾値が設定されているかどうか事前に調べるために使うことができる。
以上

2017年2月3日金曜日

マウスのイベントを取得する

MouseListnerの実装

マウスのイベントを取得するためにはMouseListenerを利用する。MouseListenerはImageCanvasで実装する
public class hoge extends PlugInFrame {
    public static icMouseAdapter ima;
    public static ImagePlus imp;

    ...

    public hoge() { 
        imp = WindowManager.getCurrentImage();
        ImageCanvas ic = imp.getCanvas();
        ic.addMouseListener(ima = new icMouseAdapter(imp));

        ...

    }
}
ij.WindowManager.getCurrentImage()を使うと、現在アクティブな画像のImagePlusオブジェクトを取得することができる。

MouseAdapterクラス

ImageCanvasオブジェクトを取得したのち、addMouseListenerメソッドで実装する。ここでインスタンスしているicMouseAdapterは以下のようなクラスになる。
public class icMouseAdapter extends MouseAdapter implements Measurements {

    ... 
    public ImagePlus imp;

    public icMouseAdapter(ImagePlus imp) {
        this.imp = imp;
    }

    public void mouseClicked(MouseEvent e) {
        // マウスがクリックされたときの処理
    }
}
MouseAdapterクラスは、マウスイベントを受け取るための抽象アダプタクラスである。マウスのイベントには当然ほかにもいろいろあるが(ドラッグとかホイールの回転とか)、この場合継承しているのでinterfaceと違い、すべてのメソッドを実装する必要はない。
メソッドのパラメータMouseEvent eを使えば、マウスの座標情報を得ることができる。
int x = e.getX();
int y = e.getY();
ただし、もし画像が拡大・縮小されていた場合、マウスをクリックした場所の座標データを取得すると、本当に欲しい画像上の座標ではなく、拡大・縮小された画像での座標を取得することになってしまう。そこで、ImageCanvas.offScreenX(int x)を使う。
int x = ic.offScreenX(e.getX());
int y = ic.offScreenY(e.getY());
これで、マウスがクリックされた場所の座標データを取得することができる。

MouseListenerインターフェース

一方、Interfaceを使ってマウスイベントの取得方法を使うこともできる。

public class icMouseAdapter implements MouseListener, Measurements {

    ... 
    public ImagePlus imp;

    public icMouseAdapter(ImagePlus imp) {
        this.imp = imp;
    }

    public void mouseClicked(MouseEvent e) {
        // マウスがクリックされたときの処理
    }
    public void mouseEntered(MouseEvent e) {
        // マウスがコンポーネントに入ったときの処理
    }
    public void mouseExited(MouseEvent e) {
        // マウスがコンポーネントから出たときの処理
    }
    public void mousePressed(MouseEvent e) {
        // マウスのボタンが押されたとき
    }
    public void mouseReleased(MouseEvent e) {
        // マウスのボタンが離れたとき
    }
}
MouseListenerはInterfaceなので、使わないメソッドもすべて実装する必要があるが、もしほかのクラスを継承したいためにMouseAdapterが使えない(多重継承できないため)場合には、このInterfaceが使える。
プラグインが終わるなどしてMouseListenerの取り除く場合は
ic.removeMouseListener(ima);
としてやればよい(ImageListenerの場合と同じようにする)。
以上

2017年2月2日木曜日

画像が更新されたことを知る

ImageListenerの実装

画像が更新されたときにOverlayを書き直したり、画像を新しく開いたり閉じたりした際に応答するためには ImageListenerを実装する。
Interface ImageListener
ImageListenerには3つのabstract methodsがある。それぞれ、
void    imageClosed(ImagePlus imp) 
void    imageOpened(ImagePlus imp) 
void    imageUpdated(ImagePlus imp) 
で、文字通り、imageClosedは画像が閉じたとき、imageOpenedは画像が開いたとき、imageUpdatedは画像が更新されたとき(例えばimp.updateAndDraw()が呼び出されたとき)に実行される。
このinterfaceはPluginのサブクラスやPluginFilterを実装するクラス(要はPluginのクラス)に実装するのではなく、
static void addImageListener(ImageListener listener) 
と、ImagePlusのクラスメソッドであるaddImageListenerで実装する。手っ取り早いのは、内部クラスとしてPluginの中で実装してしまう方法だ。
... Pluginのなんらかの処理

ImagePlus.addImageListener(new ImageListener() {

    @override
    public void imageClosed(ImagePlus imp) {
    //画像を閉じたときの処理
    }

    @override
    public void imageOpened(ImagePlus imp) {
    //画像を開いたときの処理
    }

    @override
    public void imageUpdated(ImagePlus imp) {
    //画像が更新されたときの処理
    }
}
ただ、こうすると、例えばPlugInFrameを閉じてもlistenerが残ったままになるので具合が悪い。
ImagePlusからlistenerを取り除くには、
static void ImagePlus.removeImageListener(ImageListener listener)
を実行すればよい。なので、ImageListnerを実装するときはこうしている。
public class hoge extends PlugInFrame {
    ...
    public static ImageListener listener;
    ...

    public hoge() {
        ...
        ImagePlus.addImageListener(new listener = ImageListener() {
            ... 
        }

        addWindowListener(new WindowAdapter() {
            @override
            public void windowClosing(WindowEvent e) {
                //フレームが閉じる時の処理
            }

            @override
            public void windowClosed(WindowEvent e) {
                //フレームが閉じたときの処理
                ImagePlus.removeImageListener(listener);
            }
        }
    }
}
まず、staticなメンバ変数としてlistenerを宣言している。そして
ImagePlus.addImageListener(new listner = ImageListener() {
とすることで、listenerをnewしている。別にちゃんとクラスを用意してもいいが、面倒くさいのでいつもこうしている。
WindowAdapterは、フレームが閉じたりするときの動作を記述することができるサブクラスで、addWindowListenerにそのサブクラスを継承するクラスを渡せばよい。これもいつも内部クラスで済ます。interfaceと違い、すべてのメソッドを実装する必要はない。
以上