print(textTitle, string);run("Text Window...", "name=textTitle width=80 height=20 menu");textTitle = "[test text]";
run("Text Window...", "name=" + textTitle + " width=80 height=20 menu");
print(textTitle, "Hello mac\n");
print(textTitle, "DomDom burger");
run("Find Maxima...", "prominence=10 output=[Point Selection]");getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram);Roi.getCoordinates(xpoints, ypoints);for (i = 0; i < lengthOf(xpoints); i++) {
print(xpoints[i], ypoints[i]);
}import java.net.URI;
import java.net.URISyntaxException;
import ij.IJ;
import ij.ImagePlus;
import ij.plugin.filter.PlugInFilter;
import ij.process.ImageProcessor;
public class Hoge implements PlugInFilter {
@Override
public int setup(String arg, ImagePlus imp) {
// TODO Auto-generated method stub
return DOES_ALL;
}
@Override
public void run(ImageProcessor ip) {
// TODO Auto-generated method stub
}
public static void main(String[] args) {
// TODO Auto-generated method stub
URI img;
try {
img = ClassLoader.getSystemResource("test.tif").toURI();
ImagePlus imp = IJ.openImage(img.getPath());
Hoge hogehoge = new Hoge();
hogehoge.setup("", imp);
hogehoge.run(imp.getProcessor());
} catch (URISyntaxException e) {
// TODO Auto-generated catch block
e.printStackTrace();
}
}
URI img = ClassLoader.getSystemResource("test.tif").toURI();
ImagePlus imp = IJ.openImage(img.getPath());
public class My_Plugin extends ... {
static double myResult;
void run(ImageProcessor ip) {
...
myResult = ...;
}
static String getResult() {
return myResult.toString();
}
}
myResult = parseFloat(call("My_Plugin.getResult"));
static String getResult() {...}
public static String getResult() {...}items = split(myResult, ",");MaximumFinder mf = new MaximumFinder()java.awt.Polygon getMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, boolean excludeOnEdges)
ByteProcessor findMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, int outputType, boolean excludeOnEdges)int setup(java.lang.String arg, ImagePlus imp)
public int setup(String arg, ImagePlus imp) {
this.imp = imp;
return flags;
}imp.setRoi(ovalRaoi);
MaximumFinder mf = new MaximumFinder()
mf.setup("", imp);
poly = mf.getMaxima(ip, tolerance, false);
Rectangle roi = ip.getRoi();for (int y=roi.y; y<roi.y+roi.height; y++) { //find local minimum/maximum now
for (int x=roi.x; x<roi.x+roi.width; x++) { //ImageStatistics won't work if we have no ImagePlus
...getSortedMaxPoints(ip, typeP, excludeEdgesNow, isEDM, globalMin, globalMax, threshold)analyzeAndMarkMaxima(ip, typeP, maxPoints, excludeEdgesNow, isEDM, globalMin, tolerance, strict, outputType, maxSortingError); if (imp!=null)
roi = imp.getRoi(); if (roi==null || roi.contains(x, y))
xyCoordinates.addPoint(x, y);MaximumFinder mf = new MaximumFinder()
java.awt.Polygon getMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, boolean excludeOnEdges)
ByteProcessor findMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, int outputType, boolean excludeOnEdges)poly = mf.getMaxima(ip, tolerance, false);
PointRoi pr = new PointRoi(poly.xpoints, poly.ypoints, poly.npoints);
imp.setRoi(pr);Except for segmentation, this plugin works with area ROIs, including non-rectangular ROIs, which define the area where maxima are reported.
ip.setRoi(ovalRoi);
poly = mf.getMaxima(ip, tolerance, false);imp.setRoi(ovalRaoi);discrepancy between APi and IJ.run in Find maxima
MaximumFinder.java例えば、上記のgetMaximaを見てみると、
public Polygon getMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, boolean excludeOnEdges) {
return getMaxima(ip, tolerance, excludeOnEdges, excludeOnEdges);}
public Polygon getMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, boolean strict, boolean excludeOnEdges) {
findMaxima(ip, tolerance, strict, ImageProcessor.NO_THRESHOLD,
MaximumFinder.POINT_SELECTION, excludeOnEdges, false);
if (xyCoordinates==null)
return new Polygon();
else
return xyCoordinates;}run(macroName, dialogParameter);
/*
* add_Test.ijm
*/
Dialog.create("add test");
Dialog.addNumber("a", 1);
Dialog.addNumber("b", 1);
Dialog.show()
a = Dialog.getNumber();
b = Dialog.getNumber();
print("a + b = ", a + b);
run("add Test", "a=1 b=1");
ret = run("add Test", "a=1 b=1");
/*
* add_Test.ijm
*/
arg = getArgument();
if (arg == "") {
Dialog.create("add test");
Dialog.addNumber("a", 1);
Dialog.addNumber("b", 1);
Dialog.show()
a = Dialog.getNumber();
b = Dialog.getNumber();
} else {
items = split(arg, ",");
a = parseInt(items[0]);
b = parseInt(items[1]);
}
return toString(a+b);items = split(arg, ",");
return toString(a+b);
ret = runMacro("add_Test.ijm", "1,1");switch (type) {
…
case PRINT: case WRITE: print(); break;
…public void setThreshold(double minThreshold,
double maxThreshold,
int lutUpdate)
public double getMinThreshold()ImageProcessor ip = imp.getProcessor();
ip.setThreshold(min, max, ImageProcessor.RED_LUT);-808080.0DにセットするとThresholdを解除することができる。あるいは、ip.resetThreshold()というメソッドも使える。 getMinThoreshold()で返ってきた値が-808080.0Dあるいは、ImageProcessor.NO_THRESHOLDと同値であれば、その画像にはThresholdがかかっていないことを知ることができる。public class hoge extends PlugInFrame {
public static icMouseAdapter ima;
public static ImagePlus imp;
...
public hoge() {
imp = WindowManager.getCurrentImage();
ImageCanvas ic = imp.getCanvas();
ic.addMouseListener(ima = new icMouseAdapter(imp));
...
}
}ij.WindowManager.getCurrentImage()を使うと、現在アクティブな画像のImagePlusオブジェクトを取得することができる。addMouseListenerメソッドで実装する。ここでインスタンスしているicMouseAdapterは以下のようなクラスになる。public class icMouseAdapter extends MouseAdapter implements Measurements {
...
public ImagePlus imp;
public icMouseAdapter(ImagePlus imp) {
this.imp = imp;
}
public void mouseClicked(MouseEvent e) {
// マウスがクリックされたときの処理
}
}MouseEvent eを使えば、マウスの座標情報を得ることができる。int x = e.getX();
int y = e.getY();ImageCanvas.offScreenX(int x)を使う。int x = ic.offScreenX(e.getX());
int y = ic.offScreenY(e.getY());
public class icMouseAdapter implements MouseListener, Measurements {
...
public ImagePlus imp;
public icMouseAdapter(ImagePlus imp) {
this.imp = imp;
}
public void mouseClicked(MouseEvent e) {
// マウスがクリックされたときの処理
}
public void mouseEntered(MouseEvent e) {
// マウスがコンポーネントに入ったときの処理
}
public void mouseExited(MouseEvent e) {
// マウスがコンポーネントから出たときの処理
}
public void mousePressed(MouseEvent e) {
// マウスのボタンが押されたとき
}
public void mouseReleased(MouseEvent e) {
// マウスのボタンが離れたとき
}
}MouseAdapterが使えない（多重継承できないため）場合には、このInterfaceが使える。ic.removeMouseListener(ima);void imageClosed(ImagePlus imp)
void imageOpened(ImagePlus imp)
void imageUpdated(ImagePlus imp) static void addImageListener(ImageListener listener) ... Pluginのなんらかの処理
ImagePlus.addImageListener(new ImageListener() {
@override
public void imageClosed(ImagePlus imp) {
//画像を閉じたときの処理
}
@override
public void imageOpened(ImagePlus imp) {
//画像を開いたときの処理
}
@override
public void imageUpdated(ImagePlus imp) {
//画像が更新されたときの処理
}
}static void ImagePlus.removeImageListener(ImageListener listener)public class hoge extends PlugInFrame {
...
public static ImageListener listener;
...
public hoge() {
...
ImagePlus.addImageListener(new listener = ImageListener() {
...
}
addWindowListener(new WindowAdapter() {
@override
public void windowClosing(WindowEvent e) {
//フレームが閉じる時の処理
}
@override
public void windowClosed(WindowEvent e) {
//フレームが閉じたときの処理
ImagePlus.removeImageListener(listener);
}
}
}
}ImagePlus.addImageListener(new listner = ImageListener() {addWindowListenerにそのサブクラスを継承するクラスを渡せばよい。これもいつも内部クラスで済ます。interfaceと違い、すべてのメソッドを実装する必要はない。
Plugins, "test1", jp.yo4.main.test
override fun run(p0: ImageProcessor?) {
throw UnsupportedOperationException("not implemented") //To change body of created functions use File | Settings | File Templates.
} ip.invert();実際にはsetupメソッドで画像の有無を確認していることから、もし画像が開いていない場合はrunメソッドまで処理が行くことはないがしたがって、kotlinで同じように
ip.invert()とすると if(ip != null) {
ip.invert()
} ip?.invert()ip1: ImageProcessor? = null
IJ.log("ip1 is " + ip1?.toString())ip1 is nullと返す。 ip!!.invert() override fun run(ip: ImageProcessor?) {
if(ip != null) {
IJ.log("if-check")
ip.invert()
imp?.updateAndDraw()
}
IJ.wait(1000)
IJ.log("safe call")
ip?.invert()
imp?.updateAndDraw()
IJ.wait(1000)
IJ.log("!!")
ip!!.invert()
imp?.updateAndDraw()
}setup(String str, ImagePlus imp)とrun(ImageProcessor ip)を持つのだった。setupメソッドで解析すべき画像を評価し、runメソッドで解析を行う。まずはsetupメソッドから実装する。 override fun setup(str: String?, imp: ImagePlus?): Int {
throw UnsupportedOperationException("not implemented") //To change body of created functions use File | Settings | File Templates.
}@Override
public int setup(String str, ImagePlus imp) {
// TODO Auto-generated method stub
return 0;overrideはJavaにもあった、@Overrideアノテーションみたいなものだが、Kotlinの場合はもっと実際的。kotlinの場合、スーパークラスやインターフェースのメソッドを書き換える場合は、必ずoverrideをつけないといけない。さらに言うと、overrideできるメソッドは、スーパークラスではopenという修飾子をつけて、明示的にoverride可能であることを示さないといけない。funキーワードが必要。str: String?でString型のオブジェクトとしてstrを宣言している。”?”については後で説明する: Intとしていることから、このメソッドは整数型を返すことがわかる。imp: ImagePlus?との後ろに”?”がついていた。これがkotlinの特徴の一つ、Null安全を実現するための仕組みである。kotlinにはnull許容型と非null許容型の二つの型宣言が存在する。null許容型にはnullを格納できるのに対し、非null許容型にはnullを格納することはできない。こうやってわざわざ分けておくことで、非null型にはnullが入らないことを保証し、null許容型はnullが入る可能性があるよ、ということをプログラマに教えてくれる。this.imp = imp
return DOES_ALLprivate var imp: ImagePlus?private var imp: ImagePlus? = nullimport ij.plugin.filter.PlugInFilter.DOES_ALLsrc\main\javaまで選ぶjp.yo4のような感じ
public class Filter_Plugin implements PlugInFilterclass test: PlugInFilter {class testの後に: PlugInFilterと入力する。pom.xmlにimagejのdependencyを設定してあれば、途中まで入力すれば候補が現れる import ij.plugin.filter.PlugInFilterも入力される。このあたりがIDEの便利なところ。class testの部分に赤で波線が表示されている。これは、この箇所に問題があることを示している。Class ‘test’ must be declared abstract or implement abstract member
などと言われる。PlugInFilterは必ずrunメソッドとsetupメソッドを実装する必要があるためである。
さらに表示される赤い電球＋ビックリマークをクリックする Implement Membersを選ぶ。すると、ウィンドウが現れ、未実装のメソッド（ここではsetupとrun）が出てくるのでシフトキーを押しながら複数選択し、OKを押す その結果、自動的にメソッドが挿入される。
class test: PlugInFilter {
override fun setup(p0: String?, p1: ImagePlus?): Int {
throw UnsupportedOperationException("not implemented") //To change body of created functions use File | Settings | File Templates.
}
override fun run(p0: ImageProcessor?) {
throw UnsupportedOperationException("not implemented") //To change body of created functions use File | Settings | File Templates.
}ImagePlus imp;
Roi roi = imp.getRoi();var imp: ImagePlus? = null
var roi: Roi? = null
if (imp != null)
roi = imp.Roi;
//あるいは
roi = imp?.Roi;jp.yo4など。ドメインの順は逆なのが通例
