輝点の検出を楽に行う -macro-

以前、輝点の検出を楽に行うとしてpluginからMaximumFinderを使う方法を記述したが、Macroからは、FindMaximaを使う。

run("Find Maxima...", "prominence=10 output=[Point Selection]");

(最新のImageJバージョンは、prominenceだが、ちょっと前のバージョンまではtoleranceというパラメータだった）。
これだけでPointRoiを作ってくれる。
このPointRoi位置の輝度の情報は、Measure...をすればResults Tableとして得ることもできるが、Macro内でアクセスする場合は、

getStatistics(area, mean, min, max, std, histogram);

で簡単に取得できる。（このコマンドを実行すれば、各要素が変数area, mean, min, max, histogramに格納される。histogramは配列)

さらに、PointRoiの個々の座標は、

Roi.getCoordinates(xpoints, ypoints);

とすれば、各座標はxpoints、ypointsに配列として格納できるので、

for (i = 0; i < lengthOf(xpoints); i++) {

 print(xpoints[i], ypoints[i]);

}

とでもすれば、各座標を取り出すことができる。