findMaxima (MaximumFinder)で解析範囲を指定する-3

繰り返しになるが、MaximumFinderクラスは、コンストラクタはMaximumFinder()なので、

MaximumFinder mf = new MaximumFinder()

となる。メソッドである、getMaximaもfindMaximaも引数としては

java.awt.Polygon getMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, boolean excludeOnEdges)

ByteProcessor findMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, int outputType, boolean excludeOnEdges)

であり、impはない。しかし、findMaximaの中ではimpを参照していることから、mfにimpを入れないといけない。 そこで、改めてメソッドを眺めてみると、

int setup(java.lang.String arg, ImagePlus imp)

あった！ありました！
たまに見るsetupメソッドだが、MaximumFinderで唯一impをパラメータとしている。ソースを見てみると、

public int setup(String arg, ImagePlus imp) {
        this.imp = imp;
        return flags;
    }

だけ。impをメンバ変数のimpに代入するだけのメソッドである。これを使えばよい。 まとめると、non-rectangularなRoiを解析範囲として指定するためには、

imp.setRoi(ovalRaoi);
MaximumFinder mf = new MaximumFinder()
mf.setup("", imp);
poly = mf.getMaxima(ip, tolerance, false);

とすればよい。imp.setRoi(ovalRoi)の時点で、ipにもovalRoiがセットされている。 以上がMaximumFinderでnon-rectangularな解析範囲をする方法だ（と思う）。 ここまでたどり着くの相当疲れた。。

findMaxima (MaximumFinder)で解析範囲を指定する-2

findMaxima(...)の中身を見てみる。
まず、

Rectangle roi = ip.getRoi();

とあり、その後の処理（local maximaの探すところ）では、

for (int y=roi.y; y<roi.y+roi.height; y++) {         //find local minimum/maximum now

            for (int x=roi.x; x<roi.x+roi.width; x++) {      //ImageStatistics won't work if we have no ImagePlus

...

となっている。明らかに矩形のROIとしてしか取り出していない。
次に呼び出されるメソッドは、

getSortedMaxPoints(ip, typeP, excludeEdgesNow, isEDM, globalMin, globalMax, threshold)

であるが、このメソッドの中も
Rectangle roi = ip.getRoi();
となっていて、やはり矩形のROIとしてしか取り出していない。

さて、Maximaの探索には、さらに次のメソッド

analyzeAndMarkMaxima(ip, typeP, maxPoints, excludeEdgesNow, isEDM, globalMin, tolerance, strict, outputType, maxSortingError);

で行われている。このメソッドの中をみると、

        if (imp!=null)

            roi = imp.getRoi();

なんと、ipではなくimp (ImagePlus)からROIを取り出している。マジか！
さらにソースを斜め読みしていくと、

                            if (roi==null || roi.contains(x, y))

                                xyCoordinates.addPoint(x, y);

となっていた。これは、検出したMaximaがroiの中に含まれるかどうか判定している個所と考えられる。

findMaxima (MaximumFinder)で解析範囲を指定する-1

とても久しぶりに更新。
輝点検出に便利なfindMaxima。JavaではMaximumFinderクラスを使う。
コンストラクタは、シンプルにMaximumFinderのみ。

MaximumFinder mf = new MaximumFinder()

輝点検出には、主にgetMaximaか、findMaximaを使う。

java.awt.Polygon getMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, boolean excludeOnEdges)

ByteProcessor findMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, int outputType, boolean excludeOnEdges)

findMaximaの方は、outputTypeにMaximumFinder.Maskなどとしておけば、Mask画像を返してくれる。getMaximaの方は、輝点をPointRoiとして利用したい場合に便利。Polygonとしてもらっておけば、例えば、

poly = mf.getMaxima(ip, tolerance, false);

PointRoi pr = new PointRoi(poly.xpoints, poly.ypoints, poly.npoints);

imp.setRoi(pr);

とすれば、検出した輝点をPointRoiとして表示してくれる。

さて、画面全体に対して輝点検出する場合はこれでよいが、例えば画面の一部分ROIで区切った個所だけを検出することができると、MaximumFinderの説明文に書いてある。

Except for segmentation, this plugin works with area ROIs, including non-rectangular ROIs, which define the area where maxima are reported.

円形のROIを設定することにする。getMaximaの引数がImageProcessor ipなので、

ip.setRoi(ovalRoi);
poly = mf.getMaxima(ip, tolerance, false);

とでもすれば、 指定できるのかと思いきやうまくいかない。円なのに矩形領域になってしまう。
じゃあ、ImagePlusに指定すればいいのかと思い、

imp.setRoi(ovalRaoi);

としてもダメ。ImageJの掲示板に似たような議論があったが、ip.setRoiでうまくいくよ、と書いてあるけどうまくいかない。

discrepancy between APi and IJ.run in Find maxima

こういう時は、MaximumFinderのソースコードを見る必要がある。

MaximumFinder.java

例えば、上記のgetMaximaを見てみると、

public Polygon getMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, boolean excludeOnEdges) {
return getMaxima(ip, tolerance, excludeOnEdges, excludeOnEdges);}
public Polygon getMaxima(ImageProcessor ip, double tolerance, boolean strict, boolean excludeOnEdges) {
 findMaxima(ip, tolerance, strict, ImageProcessor.NO_THRESHOLD,
  MaximumFinder.POINT_SELECTION, excludeOnEdges, false);
 if (xyCoordinates==null)
  return new Polygon();
 else
return xyCoordinates;}

となっており、結局findMaximaを呼んでいることがわかる。
２へ続く